9 ноября 1939 года было принято постановление Совета Народных Комиссаров СССР № 1848 о создании Свердловского сельскохозяйственного института. Во исполнение этого постановления был издан приказ по Народному Комиссариату земледелия СССР № 54 от 5 февраля 1940 года об организации ССХИ на базе Свердловского Колхозного сельскохозяйственного техникума. Фактически институт был создан на базе Свердловской высшей коммунистической сельскохозяйственной школы им. В.И. Ленина. Свердловский сельскохозяйственный техникум им. В.И. Ленина был переходным звеном. ССХИ открывался с 1 сентября 1940 года. Тогда же начались занятия. Первым ректором (директором) института с 1940 по 1945 годы была Ольга Аркадьевна Иванова. Институт был образован из двух факультетов: зоотехнического, вскоре преобразованного в ветеринарный, ныне факультет ветеринарной медицины и агрономического (первоначально он назывался полеводческим), теперь это – факультет агротехнологий и землеустройства.

Первым деканом ветеринарного факультета был заведующий кафедрой анатомии домашних животных Леонид Иванович Целищев, а первым деканом агрономического – Зоя Алексеевна Кольцова. Важным этапом в формировании института было создание кафедр. В начале их существования крупные учёные заложили такой потенциал, который обеспечил высокий уровень развития научно-исследовательской работы на длительный период. Дело в том, что одной из особенностей истории нашего вуза является то, что период его создания, формирования и становления пришёлся на трудные годы Великой Отечественной войны. В августе 1941 года из Киева был эвакуирован ветеринарный институт, также приехали в эвакуацию в Свердловский сельскохозяйственный институт Белорусский и Кишинёвский сельскохозяйственные институты. В их составе были учёные очень высокой квалификации, возглавившие первые кафедры института. С 27 сентября 1940 года начинает действовать Учёный совет ССХИ (тогда назывался Научный совет).

С июля 1940 года институту была передана ветеринарная клиника. Первым её заведующим стал Л.И. Целищев. В 1943 году ССХИ было передано I отделение Чернобровского совхоза в Белоярском районе для создания учебно-опытного хозяйства. Впоследствии оно было названо «Уралец». В 1943-1944 годах был выпущен первый том научных трудов Свердловского сельскохозяйственного института.

После войны в сентябре 1949 года был открыт зоотехнический, впоследствии зооинженерный, факультет технологий животноводства, а сейчас технологический факультет. В течение первых четырёх лет зоотехнический и ветеринарный факультеты составляли один коллектив, который возглавлял профессор Вячеслав Павлович Громов. В 1953 году зоотехнический факультет стал самостоятельным, и его деканом стал доцент Н.Г. Карманов.

В 1950 году был создан факультет механизации сельского хозяйства. Его первым деканом стал Сергей Иванович Ждахин. К концу 1990-х годов факультет стал столь большим, что уже трудно было организовывать студентов. I курс насчитывал 180 человек. Поэтому в марте 2001 года он был разделён на 2 факультета: факультет механизации сельского хозяйства и инженерный. Факультет механизации сельского хозяйства ныне переименован в факультет транспортно-технологических машин и сервиса. Деканом инженерного факультета является профессор, кандидат технических наук Сергей Борисович Зырянов. В 1992 году на базе кафедры экономики и организации сельскохозяйственного производства был создан факультет бухгалтерского учёта. Его первым деканом стал доцент Михаил Оскарович Ланг. Сегодня это – институт экономики, финансов и менеджмента. В 1947 году был создан факультет заочного обучения. С 1966 года работает факультет повышения квалификации. В 1995 году при вузе был создан Аграрный колледж.

В 1993 году Свердловский сельскохозяйственный институт был преобразован в Уральский сельскохозяйственный институт, что означало приобретение вузом регионального значения. Затем приказом Государственного комитета РФ по высшему образованию № 904 от 15 июня 1995 года Уральский сельскохозяйственный институт был переименован в Уральскую государственную сельскохозяйственную академию. Приказом Министерства сельского хозяйства РФ № 208 от 17 мая 2013 года УрГСХА переименована в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Уральский государственный аграрный университет».

Среди выпускников университета - 4 Героя Социалистического труда, есть лауреаты Государственных премий.